Bahkan, Yudo Margono juga terlibat aktif dalam penanganan COVID-19 yang melanda Indonesia pada Maret 2020. Terutama dalam hal pemulangan warga negara Indonesia (WNI) dari China ke Tanah Air dan pembangunan rumah sakit darurat untuk pasien COVID-19 di Pulau Galang dan Wisma Atlet.
Dengan prestasinya itu, Yudo Margono kemudian dipercaya untuk mengemban sebagai Kepala Staf Angkatan Laut (Kasal) untuk menggantikan Laksamana TNI Siwi Sukma Adji yang memasuki masa pensiun pada 2020.