Usai melatih Timnas Indonesia, orang yang akrab disapa Bendol kembali melatih klub lamanya, Persita Tangerang pada tahun 2001 hingga 2003.
Baca Juga: Prakiraan Cuaca Bandung Hari Ini Kamis 2 Februari 2023, Waspada Potensi Hujan Petir Siang
Pada periode keduanya di Persita Tangerang, Bendol berhasil membawa tim Pendekar Cisadane meraih runner-up Liga Indonesia pada tahun 2002.
Sebagai informasi, prestasi Bendol meraih runner-up Liga Indonesia pada tahun 2002 tersebut merupakan pencapaian terbaik sepanjang sejarah klub Persita Tangerang.
Perjalanan Benny Dollo kemudian berlanjut di klub Arema Malang yang dilatihnya pada tahun 2004 hingga 2006.
Di Arema Malang inilah, ia berhasil membawa pulang tiga gelar juara yaitu Juara Divisi Satu Liga Indonesia tahun 2004, serta juara Copa Indonesia dua kali berturut-turut tahun 2005 dan 2006.
Berbagai prestasi yang diraih Benny Dollo membuat PSSI kembali merekrutnya sebagai Pelatih Timnas Indonesia pada tahun 2008.
Pada periode keduanya di Timnas Indonesia, Benny Dollo mempersembahkan satu gelar Piala Kemerdekaan pada tahun 2008 setelah menang atas Libya di babak final.