Cerita berkisar tentang karakter utama bernama Ittoki Sakuraba, seorang anak laki-laki biasa, yang baru mengetahui bahwa dirinya adalah pewaris ke-19 dari klan ninja Iga.
Ittoki kemudian belajar menjadi ninja klan Iga dan bergabung dalam perang antara klan Iga dan Kouga.
Sebagai pemimpin berikutnya di desa ninja yang mapan, Ittoki memiliki perasaan campur aduk tentang kewajiban mengambil tanggung jawab sebagai calon pemimpin klan.
Keluarganya juga menyembunyikan informasi ini dari Ittoki sampai mereka terpaksa mengungkapnya setelah diserang klan ninja yang menjadi rival klan Iga.
Ittoki kemudian diperkenalkan dengan Kosetsu, yang menerobos masuk ke dalam kehidupan pribadinya dan mengambil pekerjaan untuk melindunginya dengan sangat serius.
Di sisi lain, kehidupan Ittoki berubah ketika ia menerima sebuah surat cinta di kotak sepatunya.
Ittoki terkejut karena ternyata Satomi Tsubaki, seorang siswi tahun kedua, mengajaknya berkencan.
Namun, kemudian motif Satomi sebenarnya pun terungkap, dia ternyata ingin menghabisi nyawa Ittoki.