Akibat kekalahan tersebut, Bali United harus turun ke kompetisi AFC Cup 2018.
Pada ajang AFC Cup 2018, Bali United tergabung dalam Grup G bersama Yangon United (Myanmar), Global Cebu FC (Filipina), dan FLC Thanh Hoa (Vietnam).
Namun, Bali United hanya meraih 5 poin dari enam laga, hasil satu kali menang, dua kekalahan, dan tiga imbang. Dengan hasil tersebut membuat Bali United menjadi juru kunci dan gagal lolos dari fase grup.
Pada tahun 2020, Bali United kembali menjadi perwakilan Indonesia di babak kualifikasi AFC Champions League 2020, setelah berhasil menjadi juara Liga 1 2019/2020.
Di bawah asuhan pelatih Emral Abus, di ronde pertama Bali United kembali bertemu dengan perwakilan Singapura yaitu Tampines Rovers dan menang telak 5-3, 14 Januari 2020.
Dengan kemenangan tersebut Bali United melaju ke ronde selanjutnya dan bertemu dengan Melbourne Victory pada 21 Januari 2020.
Namun pada ronde tersebut, Bali United harus takluk dengan skor 5-0 oleh Melbourne Victory dan harus turun ke AFC Cup 2020.
Pada ajang AFC Cup 2020, Bali United kembali harus mendapatkan hasil yang mengecewakan.
Tergabung di grup G bersama Quang Ninh FC (Vietnam), Svay Rieng FC (Kamboja), dan United City FC (Filipina), Bali United hanya memperoleh satu kali kemenangan dan menderita dua kekalahan.